一般的な　Taq ポリメラーゼを用いた PCR の場合、PCR産物には３‘末端にA（アデニン）が付加された３’末端が突出した形の二本鎖 DNA が形成される。この PCR 産物をベクターにクローニングする場合、この３‘末端に A が突出している性質を利用してクローニング（ライゲーション）すうのが簡単である。A と相補的な T (チミン）が突出したベクターが市販（プロメガ社・タカラ社など）されている。（一般的に TA ベクターと呼ばれる）

これを用いて、精製した PCR 産物をライゲース（DNA 結合酵素）を用いて、ベクターと連結させる。一般に TA クローニングと呼ばれる手法である。

＊ Proof-Reading 活性のあるポリメラーゼによるPCR産物は３‘末端にAが付加されていないので TA クローニングが使えないので、他の方法を用いる必要がある。

プロメガ社のライゲースを用いると３マイクロ・リットルの精製PCR産物を1時間の室温での反応でベクターに組み込める。

 

ベクターをバクテリア内に導入する（トランスフォーメーション）には、ライゲースの反応液を、直接、高効率コンピテント・セルにトランスフォームするのが簡便で良い。（コンピテント・セルの総量の10分の1以下の量のライゲーション反応液を用いるのが望ましい。25 マイクロのコンピテント・セルに対して1－2マイクロ・リットルのライゲーション液が良い）
25マイクロのバクテリア液（コンピテント・セル）と2マイクロのライゲーション反応液を混ぜて、10分間、氷上で反応させ、42度で30秒間反応させる（Heat-shock)、その後2分間氷上で保存する。

 

直ぐに、全量を、直接　Ｘギャル（30マイクロ・リットル）を塗布した、アンピシリンを含む10㎝径 LB アガープレートに撒いて、37度で一晩培養すると、PCR産物が挿入されたプラスミドを持つ白いコロニーが認められる（PCR産物の挿入されていないプラスミドを持つコロニーは青色）。白いコロニーをピペット・チップの先端で拾い上げ、アンピシリンを含む LB液体培養液２ｍｌに接種して、一晩、37度で振盪培養する。

プラスミドを抽出して、目的のPCR産物が挿入されているかどうか、PCR法・電気泳動法・DNAシークエンス法などで確認する。

＊アンピシリンの耐性遺伝子用いたセレクションの場合は、この方法で良いが、他の抗生剤（カナマイシンなど）でセレクションをする場合は、この方法では全てのクローンが死滅してしまうので、用いてはならない。他の抗生剤によるセレクションの場合は、常法の通り、SOC 溶液で振盪培養した後に、抗生剤を含むＬＢプレートに塗布する必要がある。