CRISPR/Cas9 法の優れた特徴は、ゲノムの中の好きな場所に複合体を結合させることが出来る点です。このとき Cas9 の二本鎖DNA切断活性領域を他の機能を持った蛋白に置き替えれば、色々な事が出来ます。例えば、以下のようなものに置き替えたものが既に開発されています。
　①一本鎖 DNA 切断
　②転写活性因子
　③転写抑制因子
　④点突然変異誘導

MIT(マサチューセッツ工科大学）の Feng Zhang 教授は、さまざま方法論を公開しています。また、それらのベクターも希望者にAddgene を通して配布・販売しています。